شنبه 2 اردیبهشت 1391

کارگاه آموزشی بین المللی Systems Biology با حضور دکتر اولیور ابنهوف عضو هیئت علمی دانشگاه ابردین اسکاتلند در تاریخ 8 - 10 خردادماه سال جاری برگزار می گردد. رئوس مطالب شامل موارد ذیل می باشد:

ابزارهای ریاضی مورد استفاده در Systems Biology
شبیه سازی فرایندهای زیستی با استفاده از معادلات دیفرانسیل و نرم افزار  MATLAB
بازسازی شبکه های ژنی با استفاده از داده های ریزآرایه

طریقه ثبت نام:
1 - تماس با شماره تلفن اعلام شده از سوی كارگاه ( 09397038451 )، جهت اطمینان از وجود ظرفیت خالی.
-2 دریافت و تكمیل فرم ثبت نام
-3 پرداخت هزینه ثبت نام

فرمها را از لینک زیر دریافت کنید
http://s1.picofile.com/file/7360984294/001_Workshop_Information.pdf.html
http://s2.picofile.com/file/7360984729/002_Registration_Form.docx.html
http://s2.picofile.com/file/7360985264/003_SBW_PosterA3.pdf.html

• نظرات() 

سه شنبه 20 دی 1390

آدرس وبسایت کارگاهها به شرح زیر میباشد
http://www.wmm.tabrizu.ac.ir

این کارگاهها در دانشگاه تبریز در دانشکده دامپزشکی و به مدیریت دکتر زارع برگزار میشود


معرفی کارگاه ها:

تکنیک های پیشرفته این کارگاه های آموزشی در زمینه های مختلف علوم بیولوژی به ویژه میکروبیولوژی کاربرد بسیار زیاد دارند. گسترش توانایی اجرای آنها در جامعه علمی کشور به ویژه اعضای هیات علمی می تواند سبب افزایش کیفیت فعالیت علمی و تحقیقاتی همکاران گردد. این مجموعه برای اولین بار به این فرم ارائه می شود:

اصول و تکنیک های پیشرفته الایزا، اصول و تکنیک های پیشرفته کشت سلول، استخراج و خالص سازیDNA  و RNA، طراحی پرایمر های PCR و PCR Real-time، اصول و تکنیک های پیشرفته PCR و آنالیز پروتئین ها و ایمونوگلبولین ها (SDS-PAGE و وسترن بلات)

تسلط بر این تکنیک ها برای کسانی که در زمینه علوم بیولوژیک فعالیت دارند کاملا ضروری است.

به شرکت کنندگان در هر کارگاه به صورت مستقل، گواهی رسمی شرکت در کارگاه از طرف دانشگاه تبریز اعطا خواهد گردید.

همچنین 5 امتیاز باز آموزی برای شرکت در هر کارگاه در نظر گرفته شده است. 

  اهداف

این کارگاه های آموزشی با هدف ارتقاء هرچه بیشتر شناخت و توسعه تسلط نظری و عملی شرکت کنندگان نسبت به تکنیک های پیشرفته در زمینه میکروبیولوژی و گسترش توانایی اجرای آنها در جامعه علمی کشور به ویژه اعضای هیات علمی دانشگاه تبریز برگزار می گردد. این کارگاه ها در قالب دو مجموعه که هر یک مشتمل بر یک دوره 6 روزه با برگزاری هر کارگاه در یک روز (در 4 بخش 5/1 ساعته از ساعت 8 صبح تا17:30)،در تاریخ های 6، 7، 8، 9، 10 و 11 بهمن ماه 1390 به صورت سخنرانی اساتید محترم دانشگاه همراه با پرسش و پاسخ (در کلاس یک دانشکده دامپزشکی) و عملیات آزمایشگاهی (در آزمایشگاه های بخش میکروب شناسی) برگزار می گردد. عنوان کارگاه های هر دو مجموعه به ترتیب به شرح زیر می باشد:


کارگاه شماره 1: کارگاه آموزشی اصول و تکنیک های پیشرفته الایزا

کارگاه شماره 2: کارگاه آموزشی اصول و تکنیک های پیشرفته کشت سلول

کارگاه شماره 3: کارگاه آموزشی استخراج و خالص سازیDNA  و RNA

کارگاه شماره 4: کارگاه آموزشی طراحی پرایمر های PCR و PCR Real-time

کارگاه شماره 5: کارگاه آموزشی اصول و تکنیک های پیشرفته PCR

کارگاه شماره 6: کارگاه آموزشی آنالیز پروتئین ها و ایمونوگلبولین ها (SDS-PAGE و وسترن بلات)

• نظرات() 

یکشنبه 1 آبان 1390

دکتر محمد علی ملبوبی - امیر فیضی - تهمینه لهراسبی

فهرست مطالب

 

·       فصل اول: معرفی پایگاه‌های اطلاعاتی اولیه و ابزارهای جستجو در آنها

·       فصل دوم: همردیفی توالی ها و جستجو آنها

·       فصل سوم: معرفی پایگاه‌های اطلاعاتی ثانویه و ابزارهای جستجو در آنها

·       فصل چهارم: معرفی پروژه‌های ژنوم و راه‌های دسترسی به اطلاعات آنها  

·       فصل پنجم: ترانسكریپتومیكس                                                 

·       فصل ششم: پروتئومیكس

·       فصل هفتم: متابولمیكس          

پیش گفتار

ما در دنیایی زندگی می‌كنیم كه در آن  حدود یك ونیم میلیون موجود زنده شناخته شده است و حدود ده هزار گونه آنها در خشكی‌ها زندگی می‌كنند. البته تعداد كل گونه‌های روی  كره زمین ۱۰ تا۱۰۰ برابر آن تخمین زده می‌شود. برای هر یك از این موجودات می‌توان داده‌های ریادی را جمع‌آوری نمود كه شامل داده‌های ژنومی، ژن‌ها، نحوه بیان آنها، ساخت پروتئین‌‌ها وتوالی آنها و مانند آن می باشد. از پردازش این داده‌ها، اطلاعات فراوانی به دست می آید كه خود حجم زیادی دارند. مجموعه این اطلاعات آن هم برای برخی از موجودات موضوع میلیون‌ها ركورد در انواعی از بانك‌های اطلاعاتی است. چگونگی بازیابی این اطلاعات و بهره‌برداری از آنها در آموزش و پژوهش زیست‌فناوری موضوع این راهنمای عملی است. به عبارت دیگر، در این کتاب ما تنها به بخشی ازرشته زیست‌رایانه (Biocomputing) می‌پردازیم كه آن را بیوانفورماتیك یا داده‌پردازی زیستی (Bioinformatics) می‌نامیم. در واقع، داده‌پردازی زیستی از اشتراك فعالیت‌های مرتبط با تولید هر گونه اطلاعات زیستی (از جمله پروژه‌های ژنوم)، ایجاد پایگاه‌های اطلاعاتی و ابزارهای مربوط، تولید نرم‌افزارها و ساخت سخت‌افزارهای مورد نیاز حاصل می‌شود. بازیابی اطلاعات حاصل، تجزیه ‌و تحلیل و بالاخره تفسیر آنها نتیجه این فعالیت‌هاست كه تاثیر عمیقی در رشد و پیشرفت علوم زیستی و رشته‌های مرتبط داشته است (شكل ۱).

 در حال حاضر، با تلاش‌های هماهنگ جهانی بیش از 3200 پروژه ژنوم در حال اجرا بوده و  بیش از 2000پروژه ژنوم خاتمه یافته یا نسخه اولیه آنها اتمام  است. این درحالی است که سرعت تولید اطلاعات ژنتیكی به بیش از ۱۰۰۰ جفت باز در ثانیه رسیده است. گفته می‌شود در زمان كنونی حجم اطلاعات در GenBank  هر ۱۰ ماه دو برابر می‌شود. به طوری كه در سال ۱۹۷۷ میلادی تنها توالی یك ژن (گلوبین خرگوش) را می‌دانسته‌ایم. اكنون بیش از 100 میلیون ركورد در بیست و پنجمین سالگرد GenBank  در این بانك وجود دارد. شمایی از رشد اطلاعات در این بانك در شكل ۲ آورده شده است. 

با كمی تاخیر زمانی، بهره‌برداری از این داده‌ها آغاز شده است. تشخیص مولكولی و زود هنگام بیماری‌ها در انسان، دام و حیوان، شناسایی ژن‌های مفید، طراحی موجوداتی با ویژگی‌های كیفی مورد نظر، اصلاح روش‌های زراعی و دامپروری مثال‌هایی از كاربردهای عینیت یافته این اطلاعات هستند. اما پیش‌بینی می‌شود در آینده نزدیك بهره‌برداری از این اطلاعات با مشابه سازی رایانه‌ای سامانه‌های زیستی وسعت بیشتری یابد. هم اكنون كشورهای پیشرفته با پایه‌گذاری رشته‌ای تحت عنوان ‍زیست‌سامانه (System Biology) و تأسیس موسسات پژوهشی مرتبط درصددند تا سال ۲۰۱۵ به این هدف جامه عمل بپوشانند. انتظار می‌رود با دسترسی به سامانه‌های زیستی رایانه‌ای بسیاری از طراحی‌های فناوری و بررسی اثربخشی و مخاطرات آنها با هزینه بسیار كمتر و با سرعتی بسیار بیشتر (۴ تا ۵ برابر) انجام شود. به عبارت دیگر، در مقطعی از زمان قرار گرفته‌ایم كه سرنوشت زیست ‌فناوری در آن رقم می خورد. بدیهی است در این حركت بسیار پرشتاب آشنایی با داده‌پردازی زیستی و پروژه‌های ژنوم مبنای ورود در این عرصه است.

در این کتاب، سعی شده است با زبانی ساده  مطالب به ترتیبی ارائه می‌شود تا خوانندگان ابتدا با با برخی مفاهیم اولیه، پایگاه‌های اولیه و امكانات آنها آشنا شوند. سپس به نحوه دسترسی به اطلاعات ژنومی، ماهیت آنها و تا حدی استفاده از آنها خواهیم پرداخت.  

مرکز پخش:

تهران- میدان انقلاب- خیابان کارگر شمالی- نرسیده به چهار راه فرصت- پلاک 1407 طبقه اول- انتشارات سخنوران

• نظرات() 

چهارشنبه 8 تیر 1390

پرتال بیوانفورماتیک اقدام به عرضه نرم افزارهای آموزشی ژنتیک و زیست شناسی سلولی و مولکولی کرده است.
اسلایدهای با حجم پایین قابلیت دانلود رایگان دارند اما نرم افزارهای آموزشی با حجم بالا تنها با پرداخت هزینه های رایت و بسته بندی و پست برای خریداران ارسال میشود.

لیست کامل محصولات را در لینک زیر ببینید

http://ibp.ir/Download.htm

این فروشگاه متصل به سیستم پرداخت امن بازیران میباشد که به خریداران این اطمینان را میدهد که وجه آنها در صورتی که تا یک هفته سفارش خود را دریافت نکنند به حسابشان بازگردد
 تعدادی از محصولات پرتال به شرح زیر میباشند

نرم افزار آموزشی سلول شناسی سفارش خرید و مشاهده توضیحات تکمیلی

نرم افزار آموزش ژنتیک کمی سفارش خرید و مشاهده توضیحات تکمیلی

رم افزار اصول ژنتیک پزشکی سفارش خرید و مشاهده توضیحات تکمیلی

برای مشاهده لیست کامل اینجا را کلیک کنید

• نظرات() 


• برچسب ها: فروشگاه اینترنتی پرتال بیوانفورماتیک،  
• دنبالک ها: فروشگاه اینترنتی پرتال بیوانفورماتیک  

دوشنبه 30 خرداد 1390

• نظرات() 

چهارشنبه 21 مهر 1389

Gen and Poro analizer

BMB GMP persian virsion

By:BMB software babak babaabasi

نسخه فارسی نرم افزار را از لینک زیر دریافت کنید

برای دانلود اینجا را کلیک کنید

تذکر:این نرم افزار به صورت فایل اجرایی برای راحتی کاربران ارائه شده است و اگر آنتی ویروس شما فعال باشد به اشتباه آن را حاوی ویروس خواهد شناخت.آنتی ویروس خود را غیر فعال کنید و نرم افزار را دانلود کنید و از فایل زیپ خارج کرده و استفاده کنید

• نظرات() 

چهارشنبه 21 مهر 1389

Gen and Poro analizer

BMB GMP english virsion

By:BMB software babak babaabas

نسخه انگلیسی

• نظرات() 

یکشنبه 13 تیر 1389

آدرس صفحه اصلی این دانشنامه www.ibp.ir/wiki  میباشد

در صفحه نخست این پروژه این چنین آورده شده است:

این دانشنامه یکی از زیر مجموعه هایپرتال بیوانفورماتیک ایرانیان است. پیچیدگی دامنه تحقیقات بیوانفورماتیک بیانگر چالشی میان بیولوژیستها و طراحان ابزارهای بیوانفورماتیک است و بنابر این ارتباط تنگاتنگ این دو گروه را می طلبد. پذیرش و به کار گیری ابزارهای بیوانفورماتیک از سوی متخصصین جامعه زیست شناسی و پزشکی تنها در صورتی ممکن است که ابزارهای طراحی شده برای این منظور ،تمرکز اصلی خود را بر روی کاربران و جلب رضایت آنها قرار داده است. در این دانشنامه تحت عنوان پروژه bio-use سعی میشود در یک محیط متن باز به کاربران شیوه صحیح یک مطالعه بیوانفورماتیکی را بیاموزیم تا کاربر در دریایی از بانکهای اطلاعاتی و نرم افزارهای موجود سردرگم نشود. به این منظور در این پروژه اطلاعات را در قسمت های زیر در اختیار کاربران قرار میدهم

بخشهای جالب این دانشنامه به شرح زیر است:

• بخش اول این پروژه به ایجاد صفحه ای به منظور راهنمایی برای انجام یک مطالعه صحیح و هدفمند بیوانفورماتیکی میپردازد

برای مطالعه مطالعه صحیح بیوانفورماتیکی اینجا را کلیک کنید

• بخش دوم این پروژه به ارائه و تهیه کتاب و مقالات و لینکها و نرم افزارهای کاربردی و کاربر پسند میپردازد

برای مطالعه کتاب اینترنتی بیوانفورماتیک اینجا را کلیک کنید

برای مطالعه مقالات کاربردی اینجا را کلیک کنید

برای دیدن لینک های کاربردی اینجا را کلیک کنید

برای دانلود نرم افزار تحلیلگر ژن و پروتئین اینجا را کلیک کنید

سوالات و مشکلات خود را در انجمن های اینترنتی پرتال بیوانفورماتیک مطرح کنیداینجا را کلیک کنید

• نظرات() 

جمعه 11 تیر 1389

کتاب الکترونیکی  ابزارهای بیوانفورماتیک  به شرح زیر در دست رس علاقه مندان قرار گرفته است

اطلاعات مناسب و فهرست به روز شده را در صفحه اختصاصی کتاب ببینید
برای مشاهده فهرست کتاب اینجا را کلیک کنید

فصلهای کتاب به شرح زیر میباشد:

فصل اول
این فصل را در آدرس زیر ببینید
http://ibp.ir/el/____Primary_Databanks_ims/index.html
معرفی پایگاههای اطلاعاتی اولیه و ابزارهای جستجو در آنها
مقدمه
پایگاه داده‌ها چیست؟
انواع پایگاه داده ها
پایگاه‌ داده‌ها در علوم زیستی
پایگاه‌های اطلاعاتی اولیه داده‌های زیستی
پایگاه های اطلاعاتی اولیه توالی DNA معرفی GenBank
پایگاه داده‌های Refseq
جستجوی متنی توالی‌های نوكلئوتیدی
پایگاه های اطلاعاتی اولیه توالی‌های پروتئینی ۱- پایگاه اطلاعات پروتئینی SwissProt
۲- پایگاه اطلاعات پروتئینی (PIR (Protein Information Resource
UniProt
پایگاه‌ داده‌های ساختار فضایی پروتئین‌ها (PDB (Protein Data Bank
سامانه‌های بازیابی اطلاعات از پایگاه های داده‌ها 1- Entrez
2-(SRS (Sequence Retrieval System

فصل دوم
این فصل را در آدرس زیر ببینید
http://ibp.ir/el/____BLAST_ims/index.html
همردیفی توالی ها و جستجوی BLAST
همردیفی دوگانه: (Pairwise Alignment)
امتیازدهی جایگزینی‌ها
امتیازدهی حذف و اضافه نمودن توالی ها
BLAST چگونه کار می کند؟
انواع BLAST

فصل سوم
این فصل را در آدرس زیر ببینید
http://ibp.ir/el/____Protein_Secondary_databanks_ims/index.html
معرفی پایگاه‌های اطلاعاتی ثانویه و ابزارهای جستجو در آنها
مقدمه
الف) توالی‌های توافقی (Consensus sequence):
توالی‌های الگو و پروفایل: (Pattern & Profile sequences)
مدل های ماركوف نهفته (Hidden Markov Models)
ماتریكس‌ امتیازی بر مبنای موقعیت: (Position Specific Scoring Matrix)
بلوك‌های توالی (Blocks) و اثر انگشت‌ها (Fingerprint)
جستجوی همزمان در پایگاه‌های اطلاعاتی ثانوی پروتئینی
موقعیت‌‌یابی پروتئین‌ها در سلول

فصل چهارم
این فصل را در آدرس زیر ببینید
http://ibp.ir/el/_______Genome_Projects__Access_to_Their_Data_ims/index.html
معرفی پروژه‌های ژنوم و راه‌های دسترسی به اطلاعات آنها
مقدمه
تهیه نقشه‌های ژنومی
تهیه كتابخانه‌های ژنومی
تعیین توالی‌های ژنومی
بهره‌برداری از پایگاه های اطلاعاتی ژنومی 1- استفاده از نرم‌افزار MapViewer
2- پایگاه ژنومی Ensemble
۳- پایگاه ژنومی UCSC Genome Browser
پایگاه UniGene
پایگاه RefSeq
پایگاه Entrez Gene
یكنواخت سازی نام‌گذاری ژن‌‌ها
تنوع ژنومی (Genome Diversity) پایگاه داده‌های آلل‌های انسان یا OMIM
پایگاه داده‌های SNP) Single Nucleotide Polymorphism)
مقایسه‌های ژنومی (Comparative Genomics)
پایگاه های اطلاعات مقایسه‌ای ژنوم ها
مسائل اخلاقی، مذهبی و حقوقی پروژه‌های ژنوم

فصل پنجم
این فصل را در آدرس زیر ببینید
http://ibp.ir/el/5_Transcriptomics_ims/index.html
ترانسكریپتومیكس
مقدمه
شناسایی توالی‌های قابل رونویسی
دسترسی به داده‌های ترانسکریپتومیکس
سنجش میزان بیان ژن‌ها
دسترسی به داده‌های بیان ژن‌ها
References

فصل ششم
این فصل را در آدرس زیر ببینید
http://ibp.ir/el/_6_-__Proteomics_ims/index.html
پروتئومیكس
مقدمه
جداسازی پروتئین ها
شناسایی پروتئین ها
تعیین ویژگی های پروتئین‌ها
روش طیف‌سنجی جرمی
شناسایی تغییرات پس از ترجمه
دسترسی به داده‌های پروتئومیکس پایگاه SWISS-2DPAGE
پایگاه PeptIdent
پایگاه داده‌های جرم‌های پپتیدی Mascot
پایگاه داده‌های جرم‌های پپتیدی FindMod
بیشتر بدانید

فصل هفتم
این فصل را در آدرس زیر ببینید
http://ibp.ir/el/_7_-__Metablolomics________System_Biology_ims/index.html
متابولمیكس و سیستم بیولوژی
مقدمه
پایگاه KEGG
اطلس های متابولیسمی و نقشه های ژنومی
مسیر های متابولیمسی ExPASy

سوالات و مشکلات خود را در رابطه با هر قسمت از کتاب میتوانید در انجمن اینترنتی  پرتال بیوانفورماتیک ایرانیان  به آدرس زیر مطرح کنید
www.ibp.ir/f
این کتاب الکترونیکی توسط پرتال بیوانفورماتیک ایرانیان انتشار یافته است و هر  گونه انتشار این نسخه الکترونیکی به صورت چاپی ممنوع میباشد
کاری از بابک باباعباسی
babakbabaabasi@gmail.com

• نظرات() 

جمعه 4 تیر 1389

“Ten Important Bioinformatics Databases”

GenBank www.ncbi.nlm.nih.gov nucleotide sequences

Ensembl www.ensembl.org human/mouse genome (and others)

PubMed www.ncbi.nlm.nih.gov literature references

NR www.ncbi.nlm.nih.gov protein sequences

SWISS-PROT www.expasy.ch protein sequences

InterPro www.ebi.ac.uk protein domains

OMIM www.ncbi.nlm.nih.gov genetic diseases

Enzymes www.chem.qmul.ac.uk enzymes

PDB www.rcsb.org/pdb/ protein structures

KEGG www.genome.ad.jp metabolic pathways

در این بانکهای جستجو کنید به دو دلیل

به اطلاعات خود افزوده میکنید

دوم این که هر کاری که در این بانکهای انجام دهید باعث خراب کاری نمیشود!

اطلاعات بیشتر اگر میخواهید از کتابهای الکترونیکی این صفحه استفاده کنید

http://www.ibp.ir/FreeE-Book.htm

• نظرات() 

پنجشنبه 3 تیر 1389

کتاب الکترونیکی در رابطه با بانکهای اطلاعاتی اولیه به زبان فارسی را در صفحه زیر ببینید
http://www.ibp.ir/el/____Primary_Databanks_ims/
فهرست مطالب موجود در این کتاب به شرح زیر هست
    * مقدمه
    * پایگاه داده‌ها چیست؟
    * انواع پایگاه داده ها
    * پایگاه‌ داده‌ها در علوم زیستی
    * پایگاه‌های اطلاعاتی اولیه داده‌های زیستی
    * پایگاه های اطلاعاتی اولیه توالی DNA
          o معرفی GenBank
          o پایگاه داده‌های Refseq
    * جستجوی متنی توالی‌های نوكلئوتیدی
    * پایگاه های اطلاعاتی اولیه توالی‌های پروتئینی
          o ۱- پایگاه اطلاعات پروتئینی SwissProt
          o ۲- پایگاه اطلاعات پروتئینی (PIR (Protein Information Resource
          o UniProt
    * پایگاه‌ داده‌های ساختار فضایی پروتئین‌ها
          o (PDB (Protein Data Bank
    * سامانه‌های بازیابی اطلاعات از پایگاه های داده‌ها
          o 1- Entrez
          o 2-(SRS (Sequence Retrieval System

این پایگاه‌ها حاوی اطلاعات توالی‌های DNA و پروتئین است كه به طور مستقیم از نتایج آزمایشگاهی حاصل شده‌اند (داده‌های تجربی یا ‌Experimental) و یا از تجزیه و تحلیل رایانه‌ای داده‌های موجود به دست آمده‌‌اند (داده‌های پیش‌بینی شده یا Predicted). در این نوع پایگاه‌ها مولکول‌های فوق با علائم یک حرفی شاخص نوکلئوتیدها و اسید های آمینه نوشته می شوند

در این کتاب الکترونیکی توضیحات جامع و کاملی را میابید
http://www.ibp.ir/el/____Primary_Databanks_ims

• نظرات() 

پنجشنبه 3 تیر 1389

کتاب الکترونیک آموزش شیوه کار کردن با بلست را در آدرس زیر ببینید
http://www.ibp.ir/el/____BLAST_ims
مقایسه  دو  توالی
در دهه ۸0، یک محقق هیچ برنامه رایانه‌ای برای این که بتواند بین تعدادی توالی مشابه توالی را به توالی خود پیدا کند نداشت. بنابراین زبده ترین دانشمندان ان روزگار نیز مجبور بودند این کار را به صورت دستی انجام دهند. به طور مثال، اگر قرار بود از بین چهار توالی زیر مشابه ترین توالی را به توالی خود انتخاب می کرد. باید تک تک توالی ها را با توالی الگو مقایسه می کرد و میزان شباهت‌ها را در هر مقایسه به دست می آورد. امروزه به این همردیفی دوگانه (Pairwise Alignment) می گویند.   

ساده ترین راه برای مقایسه کردن دو توالی این است که هر بار دو توالی را در زیر هم قرار دهیم و یک به یک باز ها را با هم مقایسه کنیم تا شبیه ترین توالی را پیدا کنیم (شكل‌های A تا D زیر). ولی سوالی که پیش می‌آید این است که چگونه و با چه معیاری دو توالی مشابه تر را انتخاب می‌کنیم؟ در این جاست که بحث امتیاز دهی (Scoring) مطرح می شود. به عنوان مثال، ساده ترین نوع امتیاز دهی این گونه می تواند باشد که اگر دو بازی که زیر هم قرار می گیرند از یکسان باشند، امتیاز 1 و اگر همسان نباشند، امتیاز صفر داده  شود. با این روش می توان مشابه ترین توالی و درجه شباهت سایر توالی ها را با توالی الگو به دست آورد.

حال توالی‌های بالا را با توالی الگوی داده شده با همین روش همردیفی دو گانه می‌كنیم. به نظر می‌رسد مورد C كه امتیاز ۹ گرفته است، همسانی بیشتری با توالی ما دارد

متن کامل را در آدرس زیر ببینید
http://www.ibp.ir/el/____BLAST_ims

• نظرات() 

دوشنبه 24 خرداد 1389

نام کتاب:بیوانفورماتیک (داده پردازی زیستی)

نویسنده:نقوی- ملبوبی
مترجم:
موضوع:علوم پزشكی
انتشارات:دانشگاه تهران
خلاصه کتاب:چاپ ول 1388 329صفحه شامل علوم زیست افورماتیک -ژنتیک- علوم زیستی
قیمت به ریال :66000
مقدمه:
بیوانفورماتیك شاخه ای از علم زیست شناسی است كه به ذخیره، تجزیه و تحلیل و تفسیر اطلاعات آزمایشی حاصله می پردازد. امروزه به دلیل وجود اطلاعات فراوان در علم زیست شناسی نیاز فراوانی به كامپیوتر وجود دارد. ابزار های بیوانفورماتیك شامل كامپیوترها، پایگاههای اطلاعاتی ، روشها و الگوریتم آماری می باشند كه جهت تجزیه و تحلیل  داده ها مورد استفاده قرار می گیرند. اهداف بیوانفورماتیك، استخراج اطلاعات و شناسایی روابط بین این مجموعه داده ها است. داده ها در اغلب موارد شامل توالی اسیدهای نوكلئیك و پروتئین، ساختارهای پروتئینی، پروفیل های بیان ژن، وزن ملكولی تصاویر مسیرها متابولیكی یا بیوشیمیایی و ژن ها هستند.بیوانفورماتیك به عنوان یك حوزه علمی در اواسط دهه 1990 بدلیل افزایش داده های ژنومی، بیوشیمیایی و ساختاری بوجود آمد. البته ریشه این علم به دهه 1960 برمی گردد، هنگامیكه مارگارت دی هوف اولین پایگاه اطلاعاتی توالی های پروتئینی را بنا نهاد. کتاب حاضر اولین کتاب جامع به زبان فارسی در مورد بیوانفورماتیک است که شامل 11 فصل بوده و در 450 صفحه نگارش شده است. این کتاب مورد استفاده دانشجویان گروه های زیست شناسی ، پزشکی و کشاورزی  می باشد.
عنوان فصل ها:
مقدمه ای بر بیوانفورماتیک /
ساختار و اصول توالی یابی  DNA و پروتئین
ژنومیکس ساختاری
ژنومیکس عماکردی
اطلاعات و ابزارهای موجود  در بانک های اطلاعاتی
معرفی بانک های اطلاعاتی
همردیفی توالی های DNA و پروتئین
پیش بینی ژن
پیش بینی ساختار RNA
پیش بینی ساختار و تعیین عملکرد پروتئین
تجزیه های فیلوژنتیکی
فرهنگ واژه ها
ضمیمه
برای رفتن به فروشگاه فروشنده این کتاب اینجا را کلیک کنید

• نظرات() 

سه شنبه 11 خرداد 1389

یک بحثی در ژنتیک وجود دارد به عنوان وراثت چند ژنی و چند عاملی
برخی پروژهایی برای رمز گشایی از وراثت های چند عاملی در شروع راه هست
در ده سال گذشته شاهد به کار گرفتن شمار بسیاری از بیماران و افراد کنترل برای تهیه منابع ارزشمند  دی ان ای برای مطالعه بوده ایم که جمع آوری این نمونه ها در حال گسترش است.
برای نمونه ، هدف طرح بیوبانک انگلستان جمع آوری نمونه های دی ان ای همراه با اطلاعات مربوط به سلامتی و شیوه زندگی 500000 داوطلب در سنین 40تا 69 سال است.
در خلال 20 تا 30 سال آینده پژوهشگران صاحب صلاحیت قادر خواهند شد تا با استفاده از این منابع مراحل پیشرفت بیماریهایی مانند سرطان ، بیماری قلبی ، دیابت ها  و آلزایمر را مورد مطالعه قرار دهند.
از این رهگذر آنها  امیدوارند که راههای نو و بهتر پیشگیری و درمان این مشکلات  فراهم آید

برای اطلاعات بیشتر وبسایت این پروژه را جستجوکنید
http://www.ukbiobank.ac.uk

مباحث اخلاقی زیادر در این پروژه نیز نهفته میباشد  که در آینده در رابطه با آنها بحث خواهیم کرد

• نظرات() 

سه شنبه 11 خرداد 1389

پروژه بین المللی هاپ مپ" (International HapMap Project)

این پروژه شباهتها و تفاوتهای ژنتیکی در انسان را با مطالعه ژنهای منقرض شده در تمام جمعیتهای ساکن زمین نشان می دهد.
برای دست یابی به اطلاعات  این پروژه از سایت زیر استفاده کنید
http://www.hapmap.org

تاکنون "هاپ مپ" تنها برای شناسایی ارتباط میان ژنها و بیماریها مورد استفاده قرار می گرفت، اما اکنون این دانشمندان نشان دادند که این اطلاعات می توانند برای ردیابی نقشه تغییرات ژنتیکی جمعیتهای انسانی دورانهای گذشته نیز مفید باشند.

پروژه "هاپ مپ" تفاوتهای فردی را در یک  DNA که از "ژنهای چند ریختی" در یک "نوکلوتئد"(SNPs)  به دست آمده نشان می دهد و تاکنون در حدود 4 میلیون از مجموع 10 میلیون چندریختی را که در ژنوم انسان وجود دارد طبقه بندی کرده است.

این محققان با کمک این اطلاعات موفق شدند نشان دهند که انتخاب مثبت به طور فعال روی هزار و 800 ژن عمل کرده است که این تعداد ژن برابر با 7 درصد از میراث ژنتیکی انسان است.

نواحی اس ان پی های پیوسته به عنوان هاپلو تایپ خوانده میشود
این طرح هاپلوتایپ ها را در جمعیت های مختلف شناسایی میکند
لازم به ذکر است که دو انسان از لحاظ ژنتیکی 99.9 درصد به هم شباهت دارند و آن یک دهم درصد به تفاوتهای جزئی ژنتیکی میباشد
برای فراگیری بیشتر برای  پیرامون مستعد شدگی ژنتیکی که در بیماریهای رایج مانند بیماری  قلبی دریچه ای ،دیابت ، سرطان و ناهنجاریهای خود ایمنی و روانی مورد تاکید قرار میگیرد ،طرح هپ مپ منبع سود مندی را  فراهم خواهد کرد.

البته به نکات اخلاقی و ظریف این طرح ها باید توجه شود به همین دلیل اطلاعات این طرح ها به احتمال قوی در اختیار اشخاص خاصی قرار خواهد گرفت البته باز هم نگران کننده خواهد بود ،در بحث های بعدی اگر مجالی  باشد از خطرات اخلاقی این پروژها بحث خواهم کرد

• نظرات()