تبلیغات
بیوانفورماتیك,bioinformatics,بیوانفورماتیک - استفاده از بیوانفورماتیك برای تشخیص آلودگی میگو
بیوانفورماتیك,bioinformatics,بیوانفورماتیک
تنها پایگاه آموزش بیوانفورماتیک به زبان فارسی,www.ibp.ir,این ویلاگ زیر مجموعه پرتال بیوانفورماتیک ایرانیان میباشد به آدرس
دوشنبه 1 مرداد 1386

استفاده از بیوانفورماتیك برای تشخیص آلودگی میگو

دوشنبه 1 مرداد 1386

عنوان: استفاده از بیوانفورماتیك برای تشخیص آلودگی میگو

 

استفاده از بیوانفورماتیك برای تشخیص آلودگی میگو به ویروس لكه سفید
ویروس سندرم لكه سفید یك عامل مهم مرگ ومیر میگو پرورشی در سراسر كشورهای جهان به شمار می‌رود.این ویروس میگو و سایر سخت پوستان را آلوده می كند.
به نوشته شماره جدید مجله علمی شیلات ایران،ویریونهای غشاء دار این ویروس ذرات متقارن بیضوی تا میله‌ای شكل با قطری بین  ۱۲۰تا ۱۵۰نانومتر و طولی درحدود  ۲۷۰تا ۲۹۰نانومتر هستند.
این ویروس دارای حداقل پنج پروتئین ویریون اصلی است كه سه تا از آنها در نوكلئوكپسید میله‌ای شكل و دو تای دیگر در غشا ویروس وجود دارد.
هیچكدام از پنج پروتئین اصلی ساختمانی این ویروس گلیكوزیله نیستند كه این یك خصوصیت غیر معمول در بین ویروس‌های جانوری غشاء دار است.
توالی ویروس لكه سفید با همه ویروسها متفاوت است.مطالعات فیلوژنیك نیز نشان می‌دهند ،پروتئین‌های این ویروس در ایزوله‌های مختلف آن بسیار نزدیك به هم هستند.
درخت فیلوژنیك این پروتئین‌ها را از این نظر حمایت می‌كند كه ویروس سندرم لكه سفید یك ویروس متمایز از سایر خانواده‌های ویروس می‌باشد و به هیچكدام از خانواده‌های شناخته شده فعلی تعلق ندارد.
مطالعات نشان داده است كه پروتئین غشایی اصلی یعنی وی پی  ۲۸یك نقش كلیدی در آلودگی سیستماتیك میگو به وسیله این ویروس دارد.
هدف از این تحقیق این بود كه با به كارگیری علم بیوانفورماتیك كه به معنی علم كاربرد رایانه در بیولوژی است روی این پروتئین مهم ویروسی یك آنالیز دقیق ساختمانی انجام شود و با استفاده از آن قسمت‌های آنتی ژن (اپی توپها)مشخص شوند.
اپی توپهای یك پروتئین اغلب بخش‌های آب دوستی هستند كه در سطح پروتئین قرار گرفته‌اند كه قابلیت انعطاف زیادی دارند.
نتیجه آنالیز رایانه‌ای پیشگویی قسمتهای آنتی ژنتیك پروتئین را نشان داد،پنج قسمت را به عنوان بخش‌های آنتی ژن پیشگویی كردند.
علاوه بر این چهار اپی توپ پیش بینی شده طول  ۶اسید آمینه و توالی دیگر به طول  ۸اسید آمینه بود.
در هر پروتئین قسمت‌هایی به نام اپی توپ وجود دارند كه نشان‌دهنده خصوصیات آنتی ژنیك آن پروتئین هستند.با انجام تستهای دقیق می‌توان این اپی توپ را مشخص نمود و از آنها برای شناسایی یك ویروس در میزبان استفاده كرد.
راه دیگری كه برای شناسایی این قسمت‌ها وجود دارد استفاده از برنامه كامپیوتری است .توسط این برنامه‌ها كه خصوصیات گوناگون پروتئین‌ها را مورد آنالیز قرار می‌دهند می‌توان این اپی توپها را پیشگویی كرد.
توالی‌های پروتئین وی پی  ۲۸در چند ایزوله ویروس سندرم لكه سفید میگو از بانك‌های اطلاعاتی استخراج و پس از مرتب كردن آنها ،توالی مورد توافق آنها تعیین شد.
پروتئین وی پی  ۲۸در سطح ویروس قرار دارد و دارای بخشی درانتهای آمینو است كه می‌تواند یك قسمت میان غشایی باشد.
این پروتئین یك نقش بسیار مهم را در آغاز آلودگی سیستماتیك در میگو به وسیله ویروس لكه سفید ایفا می‌كند زیرا اساسا گیرنده‌های سلولی توسط این پروتئین تشخیص داده می‌شوند.
این مقاله نوشته "حسن محبت كار" از دانشكده علوم دانشگاه شیراز است كه در شماره جدید مجله علمی شیلات ایران به چاپ رسیده است.