تبلیغات
بیوانفورماتیك,bioinformatics,بیوانفورماتیک - درس 7 پروتئین دیتا بانك pdb
بیوانفورماتیك,bioinformatics,بیوانفورماتیک
تنها پایگاه آموزش بیوانفورماتیک به زبان فارسی,www.ibp.ir,این ویلاگ زیر مجموعه پرتال بیوانفورماتیک ایرانیان میباشد به آدرس
دوشنبه 1 مرداد 1386

درس 7 پروتئین دیتا بانك pdb

دوشنبه 1 مرداد 1386

سلام

دوستان عزیز حدود ۱ ماه است که یکی از سرورهای میهن بلاگ در آمریکا دچار مشکل شد که متاسفانه وبلاگ من هم در آن سرور قرار داشت و تمام اطلاعات وبلاگ پاک شده بود و در این مدت با تلاش زیاد كه در حال حاضر میتونم بگم سه روز كامل پشت كامپیوترم تا تونستم تمام مطالب قبلی رو برگردونم و قالب وبلاگ رو به حالت اول برگردونم و لینك های قبلی و چند لینك جدید رو در وبلاگ قرار دادم كه در قسمت لینكدونی میتونید استفاده كنید ودر حال حاضر یك مطلب در پست قبلی در رابطه با تشخیص بیماری در میگو قرار دادم و مطلبی كه در همین پست قرار دادم كه در زیرمیتونید مطالعه كنید.

اكثر برنامه هام به هم خورد ولی از این پس با كمك شما دوستان سعی میكنم مطالب جالب و كاملتری در وبلاگ قرار بدم.    

چند روز پیش گروهی تشکیل دادیم که قرار شده هرکدام تا آخر تابستان بر روی دیتا بیس های بزرگ کار کنیم و هر وقت کار تمام شد اطلاعات را در وبلاگ قرار میدهم .شما دوستان هم اگر اطلاعاتی دارید میتوانید با ما به اشتراک بگذارید میونید به ایمیل بدید.


جستجو و بازیابی اطلاعات - پروتئینها در سایت pdb


در چند پست قبل تر در رابطه با سایت ncbiصحبت كردم (میتونید درسمت راست وبلاگ در قسمن موضوعات  ncbiرا انتخاب كنید و مطالعه كنید تا مروری برایتان باشد و همچنین در قسمت لینكدونی وبلاگ میتونید با كلیك بر روی ncbi  وارد سایت ncbiشوید)

و بعد از صحبت در رابطه با كلیات ncbi قسمت مقالات را برایتان معرفی كردم و در پست های بعدی آن مطالب را ادامه خواهم داد.

 

در این پست میخواهم در رابطه با یكی از بانكهای بزرگ پروتئین در سوئیس به نام  pdb(كه در قسمت لینكدونی وبلاگ میتونید بر روی گزینهpdb كلیك كنید و وارد این سایت شوید)  برایتان مطلب بنویسم و طریقه جستجو و بازیابی اطلاعات در این سایت را آموزش بدهم این سایت هم مانند سایت ncbi دارای بخشهای مختلف میباشد كه به ترتیب به امید خدا همه را در پست های آینده توضیح خواهم داد. ادرس سایت http://www.rcsb.org میباشد.

در زیر تصویری از این سایت میبینید با ورود به سایت قسمت بالایی سایت به همین شكل میباشد اگر توجه كنید در بالای صفحه حدودا در قسمت وسط كادری را میبینید كه در كنار آن گزینه سرچ وجود دارد شما میتوانید در كادر نام پروتئین مورد نظر خود را وارد كنید مثلا بنویسید E. coli dUTPase  و بر روی گزینه search كلیك كنید سایت لیستی را برای شما به نمایش در میاورد همانطوری كه در شكل میبینید این شكل تصویری است كه دقیقا بعد از كلیك بر روی گزینه سرچ و نمایش دادن لیست تهیه شده است به این صورت كه

 

این سایت هم مانند گوگل لیستی از نتیجه جستجو را برای شما به نمایش میگذارد كه در ابتدا یك شكل سه بعدی از پروتئین میبینید و در كنار آن توضیحاتی در رابطه با شكل و اسید های امینه را

برای مطالعه بقیه مطلب در زیر بر روی ادامه مطلب كلیك كنید


 را
مشاهده میكنید لینكها و تصاویر كوچكی در اطراف تصویر سه بعدی قرار دارد كه با كلیك بر روی هر كدام اطلاعاتی را به شما میدهد.در كنار تصویر سه بعدی كه به صورت رنگی است سه مربع كوچك میبینید كه بر روی یكی تصویر چشم وجود دارد كه با كلیك بر روی این گزینه ساختار پروتئین را نمایش میدهد و در مربع دیگر شكلی از صفحه  word  را میبینید كه با كلیك بر روی این گزینه توالی پروتئین را به نمایش میگذارد و در سومین مربع تصویر یك فلش را میبینید كه با كلیك بر روی این گزینه فایل دانلود میشود.

بهترین كار این است كه بر روی خود تصویر رنگی یا همان شكل سه بعدی كلیك كنید تا اطلاعات كامل را در صفحه ای جدید برایتان به نمایش بگذارد

در این صفحه جدید در بالای صفحه 6 لینك را میبینید كه با كلیك بر روی هر كدام اطلاعاتی را در زمینه های مختلف از جمله  

y , structureIdBiology & Chemistr وMaterials & Methods و Sequence Details و Geometry

را میتوانید مشاهده كنید كه با كلیك بر روی هر كدام اطلاعات مربوط به آن بخش ظاهر میشود.

توجه توجه برای به دست آوردن توالی پروتئین به فرمت FASTA بعد از كلیك بر روی شكل سه بعدی در صفحه اول وقتی كه وارد وقتی وارد صفحه دوم كه در بالا اشاره كردم شدید در سمت چپ صفحه گزینه FASTA Sequence را میبینید با كلیك بر روی این گزینه فایلی را دانلود میكنید كه حاوی توالی پروتئین به فرمت FASTAمیباشد این فایل را ابتدا در كامپیوتر ذخیره كنید سپس به سراغ كارهای دیگرتان بروید.

فرمت FASTA چیست: همانطور كه میدانید همه چیز در كامپیوتر به فرمتها و پسوند های خاصی ذخیره میشود فرمت  FASTAیك فرمتی است كه در نمایش توالی ژن یا پروتئین به كار میرود این فرمت با نماد > شروع میشود و بعد از این علامت یك نام وجود دارد كه این نام را شما میتوانید تغییر دهید و بعد از این نام، توالی ژن یا پروتئین وجود دارد. كه توالی ژن با 4 باز ATCG نمایش داده میشود و توالی های پروتئین با اختصارات یك حرفی اسید های آمینه نمایش داده میشود مثلا آلانین(ananine)را با حرف (A) نمایش میدهند و یا اسید آمینه والین (valine) را با حرف (v)نمایش میدهند و همینطور تا تمام 20 اسید آمینه را نام گذاری میكنند.

حتما میپرسید چرا حالا به یك فرمت و شكل خاصی باید ذخیره شود؟

در آینده كه وارد بحث در رابطه با نرم افزارهای بیوانفورماتیكی مانند خانواده BLAST در سایت ncbi و یا مثلا نرم افزار DNA MAN و یا نرم افزار Clustal W در سایت ebi بشویم

برای وارد كردن اطلاعات در این نرم افزارها حتما باید فرمت توالی ژن یا اسید آمینه هایتان به صورت FASTAباشد. پس FASTA را به خاطر بسپارید.

دوستان عزیز خاطر نشان میكنم كه در حال حاضر بحث هایی كه انجام میدهم همه گی در رابط با جستجو توالی میباشد و بعد از اتمام این مباحث كه مباحث بنیادی هستند وارد بخش آشنایی با نرم افزارهای بیوانفورماتیكی خواهم شد كه این نرم افزارها كارهای مختلفی انجام میدهند مثلا در یك كار پژوهشی نیاز دارید كه یك سری توالی را با هم مقایسه كنید میتوانید از یك نرم افزار خاص استفاده كنید و یا در یك پروژه دیگر میخواهید از توالی ژن به توالی پروتئین برسید كه یك نرم افزار مخصوص داریم و یا در جای دیگر نیاز دارید درخت فیلوژنی یك پروتئین را رسم كنید كه باید از یك نرم افزار مخصوص استفاده كنید و.... در ابتدای همه اینها نیاز داررید كه 1:توالی مورد نظرتان را از بانكهای اینترنتی بیابید 2:با وارد كردن این توالیها در این نرم افزارها به نتیجه خود برسید .

نگران تهیه نرم افزارها هم نباشید اكثر این نرم افزارها به صورت آنلاین در اینترنت وجود دارند.

نظرات خودتونرو هم میتونید در بخش نظرات به من بگید خیلی خوشحال میشم...

به امید روزگاری زیبا تا پست بعدی خدا حافظ