تبلیغات
بیوانفورماتیك,bioinformatics,بیوانفورماتیک - همردیفی توالی و جستجوی BLAST, کتاب الکترونیک آموزش شیوه کار کردن با بلست
بیوانفورماتیك,bioinformatics,بیوانفورماتیک
تنها پایگاه آموزش بیوانفورماتیک به زبان فارسی,www.ibp.ir,این ویلاگ زیر مجموعه پرتال بیوانفورماتیک ایرانیان میباشد به آدرس
پنجشنبه 3 تیر 1389

همردیفی توالی و جستجوی BLAST, کتاب الکترونیک آموزش شیوه کار کردن با بلست

پنجشنبه 3 تیر 1389

نوع مطلب :نرم افزارBLAST، 

کتاب الکترونیک آموزش شیوه کار کردن با بلست را در آدرس زیر ببینید
http://www.ibp.ir/el/____BLAST_ims
مقایسه  دو  توالی
در دهه ۸0، یک محقق هیچ برنامه رایانه‌ای برای این که بتواند بین تعدادی توالی مشابه توالی را به توالی خود پیدا کند نداشت. بنابراین زبده ترین دانشمندان ان روزگار نیز مجبور بودند این کار را به صورت دستی انجام دهند. به طور مثال، اگر قرار بود از بین چهار توالی زیر مشابه ترین توالی را به توالی خود انتخاب می کرد. باید تک تک توالی ها را با توالی الگو مقایسه می کرد و میزان شباهت‌ها را در هر مقایسه به دست می آورد. امروزه به این همردیفی دوگانه (Pairwise Alignment) می گویند.   

ساده ترین راه برای مقایسه کردن دو توالی این است که هر بار دو توالی را در زیر هم قرار دهیم و یک به یک باز ها را با هم مقایسه کنیم تا شبیه ترین توالی را پیدا کنیم (شكل‌های A تا D زیر). ولی سوالی که پیش می‌آید این است که چگونه و با چه معیاری دو توالی مشابه تر را انتخاب می‌کنیم؟ در این جاست که بحث امتیاز دهی (Scoring) مطرح می شود. به عنوان مثال، ساده ترین نوع امتیاز دهی این گونه می تواند باشد که اگر دو بازی که زیر هم قرار می گیرند از یکسان باشند، امتیاز 1 و اگر همسان نباشند، امتیاز صفر داده  شود. با این روش می توان مشابه ترین توالی و درجه شباهت سایر توالی ها را با توالی الگو به دست آورد.

حال توالی‌های بالا را با توالی الگوی داده شده با همین روش همردیفی دو گانه می‌كنیم. به نظر می‌رسد مورد C كه امتیاز ۹ گرفته است، همسانی بیشتری با توالی ما دارد

متن کامل را در آدرس زیر ببینید
http://www.ibp.ir/el/____BLAST_ims