تبلیغات
بیوانفورماتیك,bioinformatics,بیوانفورماتیک - بلست
بیوانفورماتیك,bioinformatics,بیوانفورماتیک
تنها پایگاه آموزش بیوانفورماتیک به زبان فارسی,www.ibp.ir,این ویلاگ زیر مجموعه پرتال بیوانفورماتیک ایرانیان میباشد به آدرس
شنبه 30 تیر 1386

بلست

شنبه 30 تیر 1386

نوع مطلب :نرم افزارBLAST، 

 

BLAST

یك برنامه جستجوی توالی های مشابه است كه می‌تواند به صورت رو در رو با  صفحه وب یا بعنوان یك ابزار مستقل مورد استفاده قرار بگیرد. چندین نوع از BLAST بمنظور مقایسه نمودن تمام تركیبات نوكلئوتید یا پروتئین های مورد جوستجو با نوكلئوتید یا پایگاههای داده‌ای(database) پروتئین وجود دارند. BLAST یك روش اکتشافی است كه ارتباطات كوتاه میان دو توالی را می‌یابد و سعی میکند تا صف بندی از این نقاط داغ را آغاز نماید. علاوه بر این، BLAST اطلاعات آماری را برای کمک در کشف مفهوم  بیولوژیكی صف بندی آماده می سازد كه این ارزش مورد توجه و یا یك نرخ مثبت ولی غلط است.

محاسبه گر BLAST در مركز ملی اطلاعات بیوتكنولوژی آمریکا در حال حاضر مجموعه‌ای متنوع از اشكال را دارد كه می‌تواند قدرت جستجوی شما توسط  BLAST را افزایش دهد . صفحة اصلی BLAST جستجوهای متنوعی از BLAST را بر اساس نوع انها مثلاً نوكلئوتید، پروتین نسخه‌برداری شده و ژنومها فهرست بندی می‌نماید. در جدول شماره یك، پارامترهای صحیح برای هر اتصال فهرست بندی شده است .

 در ورژن online این جدول، هر سلول از ردیف بالا و ستون تقریباً سمت چپ ورژن online یك اتصال قوی بمنظور توصیف آن سطر یا ستون وجود دارد. راهنمای انتخاب برنامه می‌تواند در انتخاب نوع جستجو و پایگاههای داده ای(databases) شرکت کند. پایگاه داده‌ای نوكلئوتید بدون نقص در NT مورد استفاده قرار می‌گیرد. مثلاً Gen Bank بدون ژنومی آشكار و گسترده یا توالی‌های ضمیمه شده در یك توالی. پایگاه داده‌ای پروتئین بدون نقص NR، یك مجموعه‌ای نادر از تمام توالی‌های غیر آشكار است. مثلاً توالی‌هایی كه دقیقاً از نظر طولی مشابه هستند و در یك پایگاه داده‌ای تركیب و ثبت می‌شوند. با این وجود اطلاعات مرتبط با این توالی‌ها كه این ثبت را ایجاد می‌نمایند. نگه‌داری می‌شوند. زمانیكه جستجو چه بصورت یك توالی در قالب FASTA و چه بصورت یك شاخص توالی مثل نسخه‌ دستیابی Gen Bank  ارائه گردید، این جستجو به محاسبه گر BLAST فرستاده می‌شود و (RID ) شناسنده تقاضا برمی‌گردد. جستجو و نتایج آن بصورت یک فرمت ساخته شده تا 24 ساعت بعد از اینكه RID صادر گردید ذخیره می‌شوند. RID جستجو را شناسایی می‌نمایدو به نتایج امكان مرور شدن در چندین حالت را كه شامل گزارش غیر رسمی BLAST، جدول برخورد مختصر شده، XML و ASN می‌باشند را می‌دهد. تعداد كارهای برجسته از یك آدرس ip در زمانیكه صف آرایی مورد نیاز باشد در نظر گرفته می‌شوند. بنابراین آن كاربر به تنهایی كل سرویس را به خود منحصر  نمی‌كند. به ندرت، كاربر جستجوهای زیادی را طرح خواهد كرد كه بطور واقعی این هم یكی از آن كاربرانی است كه بیش از حد مشتاق نسخه برداری از PERL نسبت به تكذیب عمدی حملة سرویس بوده است. مانع شدن بر مبنای ، مورد به مورد انجام می‌گیرد. جستجوهای نسخه برداری شده كاربر تا محاسبه گر BLAST توصیه شده است كه به مدت 3 ثانیه در میان جستجوها منتظر باقی بماند نه اینكه برای نتایج با هر نوع RID داده شده غالباً بیشتر از 2 دقیقه انتظار داشته باشد و تمام نسخه‌ها در فواصل ساعات 9 بعدازظهر و 5 صبح ESTUSA اجرا شوند. كاربرانی كه حجم زیادی از جستجوها را پیش بینی می‌نمایند (چندین هزار یا بیشتر) ممكن است تمایل به پست كردن الكترونیكی blast- help@ nebi . nlm. Nih. Gov را به منظور مساعدت در تشكیل دادن جستجوهایشان و توصیه برای جانشین كردن جستجوها را داشته باشند.